Paléogénomique et génétique moléculaire

Espaces et équipements de P2GM
Le plateau est situé au sein de l’UMR7206 au troisième étage du Musée de L’Homme (17 place du Trocadéro 75016 Paris)
Il est utilisé principalement pour extraire les acides nucléiques (ADN, ARN…), les amplifier et les préparer pour séquençage, à partir d’échantillons modernes ou anciens et dégradés. Sa mission est de fournir aux chercheurs les espaces, les outils et l’expertise nécessaires à l’étude de la diversité génétique et génomique d’une grande variété d’échantillons biologiques, y compris tout particulièrement ceux provenant de primates humains et non-humains.
P2GM mets à la disposition des utilisateurs les espaces et équipements suivants :
a. Salle Blanche
Descriptif :
- Prélèvement et préparation des échantillons biologiques anciens ou dégradés ; Extractions ADN ancien ou dégradé ; Préparation amplification ADN ancien ou dégradé
- Lampes à UVs, sas, 3 boxes de travail, filtration des entrées et sorties d’air, contrôle rigoureux des chemins de pressions, Postes de Sécurité Microbiologiques (HeraSafe KSP) et bonnes pratiques des opérateurs permettent de prémunir ce laboratoire des contaminations par des acides nucléiques exogènes.
- Cet espace est équipé, entre autres, de balances de précision, de plusieurs centrifugeuses, Thermo Mixers, Tube rotators, Crosslinker, Étuves, Drémel, réfrigerateurs et congélateurs, Multipipettes et Pipettes.
b. Génétique Moléculaire 1 – Extraction ADN
Descriptif :
- Extraction ADN-ARN en particulier humain, primates non-humains, parasites et microbiotes humains et primates provenant d’échantillons de tissus biologiques : salive, sang, urine etc.
- Purification ADN-ARN
- Dosages ADN-ARN
- Postes de Sécurité Microbiologiques (HeraSafe KSP), sorbonnes chimiques, hottes à recirculation et bonnes pratiques des opérateurs permettent d’extraire, de doser et de purifier l’ADN des échantillons biologiques dans des conditions optimales.
- Cet espace est équipé, entre autres, de balances de précisions, plusieurs centrifugeuses, Thermo Mixers, Étuves, SpeedVac, Bains-Marie secs et humides, NanoDrop, qBit, réfrigerateurs et congélateurs, Multipipettes et Pipettes.
c. Génétique Moléculaire 2 – Préparation amplification (Pré-PCR)
Descriptif :
- Préparation PCR en milieu protégé en particulier des contaminations homme-homme ou homme-primate.
- Contrôle rigoureux des chemins de pressions, Postes de Sécurité Microbiologiques (HeraSafe KSP) et bonnes pratiques des opérateurs permettent de prémunir ce laboratoire des contaminations par des acides nucléiques exogènes.
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Salle machines
Descriptif :
- Entre Pré- et Post-PCR, isolées de ces deux pièces et controlées par un chemin de pression, se trouve une salle machine contenant 7 thermocycleurs dont 3 à gradients, et deux PCR quantitatives dont une portative.
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d. Génétique Moléculaire 3 – Post Amplification (Post-PCR)
Descriptif :
- Post PCR : préparation, migration, lecture et découpage gels
- manipulations sur ADN amplifié (librairies)
- préparations au séquençage
- Contrôle rigoureux des chemins de pressions, Sorbonne chimique, et bonnes pratiques des opérateurs permettent de ne pas contaminer tous les autres laboratoires lors de la manipulation d’ADN amplifiés
- Cet espace est équipé, entre autres, de balances de précision, micro-ondes, cuves de migrations, transilluminateur et tables à UV, réfrigerateurs et congélateurs, Multipipettes et Pipettes.
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e. Génétique Moléculaire 4 – NGS
Descriptif :
- Préparation de librairies Illumina moderne
- Analyses de librairies Illumina amplifiées modernes et anciennes, enrichissement en ADN cible.
- De deux Poste de Sécurité Microbiologique (HeraSafe KSP) et les bonnes pratiques des opérateurs permettent de ne pas contaminer tous les autres laboratoires lors de la manipulation d’ADN amplifiés
- Cet espace est équipé, entre autre, d’un LabChip, de 3 thermocycleurs, réfrigerateurs et congélateurs, Multipipettes et Pipettes.
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f. Anthropologie Biologique – Préparations et Mesures
Descriptif :
- Retours de terrain et préparations échantillons (étiquetage, tri)
- Mesures anthropologie biologique (exercices d’efforts, anthropologie physique…)
- TP étudiants Anthropologie Biologique
- Cet espace est équipé, entre autres, de paillasses mobiles et d’une hotte à poussières.
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g. Pièces de stockage et laverie
Descriptif : Enfin, P2GM est équipé de plusieurs espaces de stockage de produits chimiques, d’espaces de stockage des échantillons de l’UMR7206 et d’une laverie équipée (lave-linge, lave-vaiselle, machine à glace, osmoseur etc.)
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Pour tout renseignement, contacter Céline Bon et José Utge