LEFEUVRE Maël

Thèse en préparation sous la direction de Céline Bon et Marie-Claude Marsolier, en partenariat avec l’entreprise Eveha.

Financement : AAP « Paris Region PhD 2021 » (DIM MAP) 

Résumé :
La parenté biologique est un aspect structurant des relations humaines qui régit nombre de lois, coutumes et structures sociales. Cependant, l’identification de ces liens biologiques dans les sociétés du passé demeure un enjeu méthodologique, en particulier pour les plus anciennes dont les registres écrits sont inexistants. Afin de caractériser précisément les relations de parenté à partir de vestiges humains, les approches génétiques ciblant les chromosomes autosomaux sont à privilégier. Ces dernières sont en effet les seules permettant de tenir compte des deux lignées parentales, tout en offrant la possibilité de préciser le degré de proximité familiale séparant deux individus (parent, enfants, cousins, etc.). Malheureusement, dans l’extrême majorité des cas, l’importante dégradation de l’ADN ancien rend complexe, et par conséquent, particulièrement coûteuse, l’application « en routine » des méthodes statistiques d’estimation de la parenté sur de grands ensembles funéraires. Aussi, une estimation complète et précise des liens de parenté biologique présents sur un site archéologique demeure généralement inaccessible, bien qu’elle soit à bien des égards un paramètre crucial pour restituer l’organisation sociale des populations anciennes. L’objectif de cette thèse est donc de livrer une procédure d’analyse robuste et efficace permettant de déployer à grande échelle et de manière systématisée, l’analyse des relations génétiques de parenté des squelettes humains archéologiques. Ce projet prévoit donc un développement méthodologique ambitieux, avec en premier lieu la mise en place d’une étude comparative de méthodes d’estimation de la parenté génétique adaptées au contexte de l’ADN ancien, déjà publiées au sein de la littérature scientifique. Cette étude se fera notamment via des approches de simulation d’arbres généalogiques et par la conception d’un pipeline bio-informatique reproductible. Dans un second temps, le bilan de performance de l’ensemble des méthodes comparées permettra le développement une méthode supplémentaire, plus performante et optimisée pour l’étude de l’ADN ancien, en effectuant la synthèse et/ou en combinant les composantes pertinentes de chaque méthode. Dans une troisième étape de la thèse, cette nouvelle méthode sera appliquée au matériel archéologique étudié par les équipes du laboratoire Éco-anthropologie (UMR 7206) et de l’opérateur privé d’archéologie préventive Éveha.
 

Mots-clefs : ADN ancien, parenté génétique, paléogénétique